El 19 de diciembre de 2007, durante la primera Asamblea General de Innobasque en el Parque Tecnológico de Zanudio, se decidió la entrada de Eurobulegoa y el Cluster del Conocimiento en Innobasque. Estas dos entidades ya habían ratificado el proceso de integración en sus respectivas Asambleas.
En sus once años de actividad, el Cluster del Conocimiento, al que pertenece Xupera, ha logrado convertirse en el organismo vasco que reúne al mayor número de entidades orientadas a la promoción de la innovación en gestión empresarial. La implicación y el intercambio de experiencias entre sus organizaciones socias ha resultado fundamental en el objetivo de conseguir un entorno social, universitario y empresarial mejor cohesionado y más competitivo. La Junta Directiva del Cluster estima que la integración en Innobasque supone la mejor manera de continuar el trabajo de extender la innovación y la mejora de la gestión en las organizaciones vascas.
Por lo tanto, a partir de esta fecha Innobasque, Eurobulegoa y el Cluster del Conocimiento serán, a todos los efectos, una única organización, a la que se une también Gipuzkoa Berritzen, con sede en Donostia-San Sebastián.
La integración de estas cuatro organizaciones responde a la estrategia, anunciada por el Presidente de Innobasque Pedro Luis Uriarte, de conformar la Agencia por esta vía y, además, por las de federación, alianza y acuerdos de cooperación y colaboración.
Jose Luis Jiménez Brea, actual Presidente del Cluster del Conocimiento, asumirá la Dirección General de Transformación Empresarial en Innobasque, y Juan Tomás Hernani, Director de Eurobulegoa, se encargará de la Dirección de Proyectos Internacionales.